KOBIC...클러스트 4개, 2056개 코어로 아시아 최고의 생명공학 분야 시스템 구축

생명정보학(Bioinformatics)은 BT와 IT의 융합기술(BIT)로 생물체의 유전정보 등 방대하고 다양한 생명현상 관련 정보를 컴퓨터를 사용해 정리·분석·해석하는 분야이다. 생명정보학에 대한 기술개발과 연구 성과는 향후 국가적인 생명공학분야의 연구의 성패를 좌우할 정도로 중요한 분야로 평가받고 있다.






4개의 클러스터를 그리드 방식으로 묶어
한국생명공학연구원은 1,300여명의 과학자들로 구성된 국내의 대표적인 생명공학연구소다. 한국생명공학연구원의 한축을 맡고 있는 국가생물자원정보관리센터(KOBIC: Korean Bioinformation Center)는 게놈, 단백질 유전정보 등 생명정보학(Bioinformatics)과 관련된 모든 분야를 전문으로 연구 개발하고 있다.

KOBIC은 이같은 '생명정보'를 주요 내용으로 하는 연구개발용 컴퓨터로 수퍼컴퓨팅 환경을 갖추고 있다. KOBIC의 박종화 센터장은 "KOBIC이 사용 중인 수퍼컴퓨팅 환경은 용량, 구성, 사용률 등에서 아시아에서 최고 수준"이라고 소개한다.

박종화 센터장의 설명에 따르면 이 수퍼컴퓨팅 환경은 x86 서버를 클러스터 방식으로 묶고, 이렇게 한데 묶여진 클러스터 시스템을 그리드 방식으로 연결해 구성한 것이다. 현재 클러스터 시스템은 모두 4개이며, 그 CPU 규모는 2,056코어이다. 이른바 '클러스터 그리드' 방식으로 수퍼컴퓨팅 환경을 구현한 셈이다. 클러스터 소프트웨어로는 오픈 소스인 RocksCluster를 채택했으며, 그리드컴퓨팅 솔루션 업체인 씽크테크와 협력해 구축했다.

KOBIC의 이러한 클러스터 그리드 컴퓨터의 구축은 순차적으로 진행됐다. KOBIC이 수퍼컴퓨팅 환경을 구축하기 시작한 것은 지난 2004년으로 거슬러 올라간다. 당시 썬 x86 서버 158대를 처음 도입한 KOBIC은 대만산 x86 서버인 ASUS 서버 63대, 델의 x86 서버 156대를 도입했다. 특히 2007년에 도입한 델 서버는 인텔 쿼드코어를 장착한 제품으로 그 수량이나 성능 면에서 기존에 도입한 서버를 압도했다.

델 쿼드코어 156대 도입
KOBIC이 도입한 델의 쿼드코어 서버의 기종은 PowerEdge 1950이었다. 2007년 6월에 1차로 64대, 11월에 2차로 92대를 도입했다. 여러 서버 제품 가운데 델을 선정한 것은 무엇보다는 높은 가격대 성능 때문이었다. 박 센터장은 "서버 제품의 성능은 거의 평준화됐다. 가격이 주요 기준이 될 수 밖에 없다"며 델 서버의 선정 이유를 설명한다. 또 델은 최신 기술을 담은 제품을 업계에서 가장 빨리 출시하는 점도 높이 평가됐다.
실제로 2007년 6월 쿼드코어 서버를 선정해 도입할 당시 델 외에는 쿼드코어 제품을 내놓은 업체가 없었다는 게 박 센터장의 설명이다.

KOBIC은 이렇게 도입한 x86 서버를 클러스터 그리드 방식으로 단계적으로 구성하는 작업을 수행해 2007년에 완료했다. KOBIC은 이 클러스터 그리드 컴퓨터를 연구소의 모든 프로그램은 물론 유전정보 분석, 바이오 칩 분석 등의 용도로 활용하고 있다. KOBIC이 이처럼 대규모 수퍼컴퓨팅으로 연구개발 환경을 갖춘 것은 2007년이 처음이었다. 기존에는 워크스테이션을 활용하거나 외부에 맡겼는데 원하는 정보를 얻기가 어려웠다.

KOBIC이 이처럼 클러스터 그리드 컴퓨터를 이용해 내놓을 연구개발 성과는 무엇일까. 박종화 센터장은 그 응용분야를 단적인 예를 들어 설명한다. "앞으로 머지 않아 한 인간의 게놈 정보를 완벽하게 분석해 1천달러 정도로 판매하는 시대가 온다. 이르면 2010년부터 현실화될 것으로 예상된다. 만일 이렇게 되면 한 인간이 태어나서 사망에 이르기까지 어떤 병에 걸릴 확률이 몇%인지를 정확하게 뽑아낼 수 있으며, 어떠한 배우자를 만나면 좋은지도 미리 안내해주는 것도 가능하다."

1만개 코어 목표, 올해 추가 구매 계획
박 센터장은 "앞으로 1만개의 코어를 갖춘 클러스터 그리드 컴퓨터의 구성을 목표로 하고 있다. 이제 1/5 정도의 작업만 마친 셈이다. 올해 안으로 8천개 코어로 늘릴 계획"이라며 앞으로 그 규모를 지속적으로 확대할 것이라고 말한다.
KOBIC은 향후 새로 도입할 서버 제품으로 아직 구체적으로 결정한 것은 없지만 델을 적극 고려하고 있다. 쿼드코어처럼 프로세서가 많은 제품을 그것도 좀더 저가에 도입한다는 방침을 세웠는데 델이 적격이라는 게 박 센터장의 얘기다.


▲ 국가생물자원정보관리센터(KOBIC: Korean Bioinformation Center) 박종화 센터장





"KOBIC이 사용 중인 수퍼컴퓨팅 환경은 용량, 구성, 사용률 등에서 아시아에서 최고 수준이다. 이 수퍼컴퓨팅 환경은 x86 서버를 클러스터 방식으로 묶고, 이렇게 한데 묶여진 클러스터 시스템을 그리드 방식으로 연결해 구성한 것이다. 현재 클러스터 시스템은 모두 4개이며, 그 CPU 규모는 2,056코어이다. 여기에 들어가 있는 x86 서버는 썬, ASUS, 델 등 다양하다. 그 중에서 특히 델 서버는 인텔 쿼드코어를 장착한 제품으로 그 수량이나 성능 면에서 다른 서버를 압도한다."








저작권자 © 컴퓨터월드 무단전재 및 재배포 금지